Como una instancia clave de coordinación y asesoramiento, el COCOIN asegura el seguimiento oportuno de las políticas y procedimientos que fortalecen el control interno, de acuerdo con la normativa establecida. Este órgano se rige bajo el Marco Rector de Control Interno, las Guías de Implementación de Control Interno, y el Reglamento para el Sistema Nacional de Control de los Recursos Públicos (SINACORP), asegurando una base sólida para sus recomendaciones.
Las recomendaciones emitidas por el COCOIN no son vinculantes, pero están fundamentadas en un análisis riguroso, proporcionando una visión objetiva y experta. En el desarrollo de sus funciones, el COCOIN puede invitar a participar en sus sesiones a representantes y expertos según la naturaleza de los temas en discusión, lo cual enriquece el proceso de toma de decisiones.

Entre sus principales responsabilidades, el COCOIN realiza sesiones de manera periódica, siguiendo los acuerdos y procedimientos establecidos en el Reglamento. Con ello, se asegura de mantener un control efectivo, adaptado a las necesidades institucionales, y siempre alineado con las mejores prácticas de gobernanza y administración pública.